Las principales ventajas del transporte intermodal es que es más sencillo transportar toda la mercancía en un mismo contenedor que utilizar otro tipo de sistemas. .

• Agilidad en la operativa: la carga y descarga, ya que al moverse una unidad de carga de un medios de transporte a otro resulta más rápida que mover palets sueltos, entre otros.
• Menor consumo de combustible: al utilizar varios medios de transporte el consumo de combustible se reduce, así como el desgaste del vehículo y componentes principales.
• Más agilidad en las inspecciones: los contenedores suelen ir precintados bajo un único contrato de transporte lo que implica un menor número de inspecciones.
• Menores riesgos de pérdidas: al ir en unidades de carga cerradas tanto las roturas como los robos son menos frecuentes.
• Fácil monitorización de la carga: como toda la carga se encuentra en un mismo contenedor resulta más fácil tenerla localizada, lo contrario que ocurriría si esta se encontrara repartida en varios tipos de carga.